Mercury-Atlas 6, lot Johna Glenna z 20 lutego 1962 roku, był sprawdzianem zarówno dla Centrum Kontroli Misji, jak i dla samego Krafta. Historycy lotów kosmicznych i Catherine Bly Cox określili go jako „pojedyncze wydarzenie, które w decydujący sposób ukształtowało operacje lotów”. Świadom ryzyka niepowodzenia rakiety Atlas, Kraft trzymał pod szkłem swojego biurka fotografię eksplodującego egzemplarza tej rakiety. Była to pierwsza amerykańska misja orbitalna i przebiegała normalnie, dopóki Glenn nie rozpoczął drugiego okrążenia. Wówczas inżynier William Saunders przy konsoli telemetrii zameldował, że dane wskazują sygnał „Segment 51”. Sugerował on, że poduszka lądowania kapsuły, mająca rozwinąć się dopiero po wodowaniu, mogła rozłożyć się przedwcześnie. Oznaczałoby to, że osłona termiczna kapsuły, umieszczona na poduszce, jest poluzowana, a luźna osłona groziłaby spaleniem się kapsuły podczas wejścia w atmosferę.