W latach 40. XX wieku NACA było organizacją badawczo-rozwojową prowadzącą pionierskie badania aeronautyczne, publikującą więcej raportów o technologii lotniczej niż jakakolwiek inna pojedyncza instytucja na świecie. W Langley Research Center zaawansowane tunele aerodynamiczne służyły do testowania nowych konstrukcji samolotów, a prowadzono tam także badania nad nowymi koncepcjami, takimi jak samolot rakietowy Bell X-1. Krafta przydzielono do wydziału badań w locie, gdzie szefem badań był wówczas Robert Gilruth. Kraft wspominał później, że przed końcem lat 50. słowo „kosmos” było w NACA niemal zakazane – nie wolno go było używać nawet w bibliotece placówki. Jego prace w NACA obejmowały m.in. jedno z pierwszych zastosowań radiotelemetrii przy testach zrzutowych modeli transsonicznych oraz budowę ćwierćskalowego modelu samolotu rakietowego Bell X-1 do prób zrzutowych, a także rozwój wczesnego systemu łagodzącego wpływ podmuchów na samoloty lecące w turbulentnym powietrzu. System ten automatycznie wychylał powierzchnie sterowe, aby kompensować te zaburzenia w locie. Badał także wiry wytwarzane na końcówkach skrzydeł i ustalił, że to one, a nie strumień zaśmigłowy, odpowiadają za większość turbulencji w śladzie aerodynamicznym za lecącym samolotem.