Slavia Praga Latem 2018 roku przeszedł do Slavii Praga. W drużynie grał jako zmiennik lewego obrońcy Jana Bořila. Zadebiutował w Slavii 22 lipca 2018 roku, kiedy wszedł na boisko pod koniec meczu ligowego z Sigmą Ołomuniec. W europejskich pucharach zadebiutował 13 grudnia, kiedy to rozegrał cały mecz fazy grupowej Ligi Europy przeciwko Zenitowi Sankt Petersburg. Zelený regularnie grał w krajowym pucharze, nie zagrał jednak w finale przeciwko Baníkowi Ostrawa, ale świętował zdobycie trofeum ze Slavią po zwycięstwie 2:0. W swoim pierwszym sezonie w klubie dotarł do ćwierćfinału Ligi Europy, w którym Slavia uległa Chelsea, a także zdobyła tytuł mistrzowski. W jesiennej części sezonu 2019/20 Zelený zagrał także w czterech meczach fazy grupowej Ligi Mistrzów przeciwko Interowi Mediolan, Borussii Dortmund i Barcelonie. Jesienią zagrał jednak w lidze tylko 470 minut, dlatego w styczniu 2020 roku został wypożyczony do Mladej Boleslav. Sezon zakończył tym klubie, przegrywając ze Slovanem Liberec w meczu o awans do rundy wstępnej Ligi Europy.