Koubek powrócił do czeskiej ekstraklasy jako menedżer FK Mladá Boleslav 28 maja 2011. Doprowadził on ten klub do czwartego miejsca w czeskiej ekstraklasie 2011/2012 i kwalifikacji do Ligi Europy UEFA w kolejnym sezonie. Jednak po serii trzech kolejnych porażek w lidze zrezygnował ze swojego stanowiska we wrześniu 2012. Koubek został mianowany na stanowisko menedżera Slavii Praga we wrześniu 2013 r. po rezygnacji Michala Petrouša. Został zwolniony w marcu 2014.
W sierpniu 2014 roku Koubek został nowym trenerem Viktorii Pilzno, a w maju 2015 zdobył swój pierwszy tytuł mistrzowski. W lipcu 2015 świętował ze swoją drużyną Superpuchar Czech, pokonując Liberec 2:1. Pomimo sukcesów ligowych, Viktoria wygrała tylko raz w pierwszych czterech meczach ligowych sezonu 2015/2016 i odpadła w rundzie kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, co zakończyło się jego odejściem ze stanowiska za obopólną zgodą w połowie sierpnia 2015 roku.
30 maja 2016 roku Koubek został ogłoszony nowym menedżerem Bohemians 1905. W sierpniu 2016 został asystentem w sztabie reprezentacji Czech prowadzonej wówczas przez Karela Jarolíma. Koubek został trenerem FC Hradec Králové w czerwcu 2021 roku po rezygnacji Zdenka Frťali. W czerwcu 2023 roku Koubek wrócił do Viktorii Pilzno po raz trzeci zostając trenerem klubu.