25 marca 1999 w wieku 58 lat został przeniesiony w stan spoczynku.
Na emeryturze Na emeryturze po katastrofie smoleńskiej w 2010 regularnie występował w mediach jako ekspert, oceniając procedury i stan techniczny floty Tu-154M. Z końcem 2010 został współautorem książki „Ostatni lot. Przyczyny katastrofy smoleńskiej” i „Anatomia katastrofy smoleńskiej. Ostatni lot PLF 101” (pierwsze wydanie ukazało się pod koniec 2010, przed ogłoszeniem raportu MAK, a drugie po opublikowaniu raportu Millera). Drugie wydanie z nową wersją jest zmienione w kontekście ogłoszonego pod koniec lipca 2011 raportu komisji rządowej, który pomijał takie czynniki: obecność w kokpicie maszyny dowódcy polskich sił powietrznych gen. Andrzeja Błasika, jego wpływ na ostatnie minuty lotu czy zachowanie generała na lotnisku w Warszawie przed wylotem.
3 stycznia 2012 płk pil. rez. Robert Latkowski wziął udział w pożegnanej uroczystości w związku z rozformowaniem 36 specjalnego pułku lotnictwa transportowego, z jego ostatnim dowódcą pułku płk. pil. Mirosławem Jemielniakiem, kończąc po 66 latach działalność jednostki, która został przekształcona w 1 bazę lotnictwa transportowego.