9 kwietnia 2013 prokurator Wojskowej Prokuratury Okręgowej w Warszawie ppłk Jarosław Sej włączył płk. pil. rez. Roberta Latkowskiego do grupy biegłych odnośnie śledztwa smoleńskiego, którą kierował płk pil. dr. inż. Antoni Milkiewicz wydając 6 kwietnia 2015 kompleksową opinię, według której przyczyną katastrofy były błędy załogi, a kontrolerzy nieumyślnie przyczynili się do rozbicia maszyny oraz wytknięto nieprawidłowości w przygotowaniu lotu i błędy w szkoleniu w 36 specjalnym pułku lotnictwa transportowego. Robert Latkowski wraz z Adamem Tarnowskim był biegłym, który zidentyfikował głos dowódcy sił powietrznych gen. Andrzeja Błasika na nagraniu z kokpitu tupolewa. Przestał być biegłym w 2015 w śledztwie dotyczącym katastrofy smoleńskiej po decyzji Naczelnej Prokuratury Wojskowej ze względu na publiczną krytyką z zarzutami o złamanie standardów bezstronności (m.in. publikacja „Ostatni lot. Przyczyny katastrofy smoleńskiej”). Pod koniec listopada 2015 był przesłuchiwany wraz z drugim biegłym na zlecenie Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie prowadzącej dochodzenie w sprawie przecieku ekspertyzy analizującej zapis rozmów z kokpitu tupolewa.
Życie prywatne Mieszka w Warszawie. Żona Teresa nauczycielka. Córka Monika, dr inż. ogrodnictwa w SGGW w Warszawie.