Niewola i obozy Po kapitulacji Warszawy 28 września dostał się do niewoli niemieckiej. Przebywał kolejno w obozie przejściowym w Skierniewicach oraz w oflagach IV A w Hohnstein i IV B w Königstein, gdzie kierował duszpasterstwem wśród jeńców. 8 grudnia 1939 przewieziono go do oflagu IX C w Rotenburgu koło FuldyM. Kłakus, J. Myszor, Kapelani Wojska Polskiego w oflagu w Rotenburgu (XII 1939 – IV 1940) – historia jednej fotografii, „Archiwa, Biblioteki i Muzea Kościelne” 2021, nr 115..
18 kwietnia 1940 został wywieziony do obozu koncentracyjnego Buchenwald (numer obozowy 3343), a 7 lipca 1942 do obozu koncentracyjnego Dachau (numer obozowy 31 226). W obu obozach pełnił rolę męża zaufania księży kapelanów. W 1945 stanął na czele policji obozowej bloku księży polskich, przeciwdziałając przemocy ze strony części współwięźniów. 29 kwietnia 1945 został wyzwolony przez wojska amerykańskie.