Choć była ona trudniejsza w projektowaniu, pozwalała na uzyskanie znacznie mniejszej średnicy czołowej silnika, co miało kluczowe znaczenie dla aerodynamiki samolotów bojowych.
Kalendarium prac Marzec 1940 roku – pierwsze uruchomienie prototypu oznaczonego jako Jumo 004A. Silnik osiągnął ciąg około 4,3 kN. Grudzień 1941 roku– silnik osiągnął pełny planowany ciąg 9,8 kN (1000 kG), jednak pojawiły się poważne problemy z wibracjami łopatek turbiny. 18 lipca 1942 roku – prototyp samolotu Messerschmitt Me 262 (V3) wykonał swój pierwszy lot wyłącznie przy użyciu dwóch silników Jumo 004A. Lato 1943 roku – przeprojektowanie silnika na wersję seryjną Jumo 004B, w której drastycznie ograniczono użycie metali deficytowych.
Opis techniczny i innowacje Junkers Jumo 004B był silnikiem jednowałowym. Powietrze wpadało przez regulowany chwyt, przechodziło przez 8-stopniową sprężarkę osiową, trafiało do 6 puszkowych komór spalania, a następnie napędzało 1-stopniową turbinę osiową i opuszczało silnik przez dyszę wylotową o regulowanym przekroju (za pomocą charakterystycznego ruchomego stożka, zwanego przez mechaników Zwiebel – cebula).