Prace rozbiórkowe na trasie linii przeprowadzono w I połowie 2013.
Ze względu na niezadowalający stan techniczny zbudowanych przed I wojną światową i pozostałych do tej pory na linii obiektów inżynieryjnych, również i one zostały wyburzone, łącznie z Wiaduktem Weisera (zwanym także Mostem Weisera, od wydanej w 1987 książki Pawła Huelle pt. Weiser Dawidek). Prace rozbiórkowe na trasie budowy PKM zakończono w sierpniu 2013. Jako ostatni został wyburzony wiadukt przy ul. Wołkowyskiej, co nastąpiło 17 sierpnia tego samego roku. Przed wyburzeniem każdy z reliktów dawnej linii kolejowej został zeskanowany skanerem 3D, w celu udokumentowania ich wyglądu dla kolejnych pokoleń.
Do przetargu na głównego wykonawcę prac budowlanych zakwalifikowało się 16 przedsiębiorstw. Oferty finansowe na budowę składano do 14 lutego 2013. Po zakończeniu oceny dziewięciu ofert, jakie wpłynęły w II etapie przetargu na budowę Pomorskiej Kolei Metropolitalnej, 7 marca 2013 PKM oficjalnie ogłosiła, że zwycięzcą przetargu zostało polsko-hiszpańskie konsorcjum przedsiębiorstw Budimex (lider konsorcjum) i , które zaproponowało najniższą cenę realizacji inwestycji – 716 136 838,06 zł brutto. Przedsiębiorstwa te w latach 2007–2009 dokonały modernizacji stacji Gdynia Główna. 7 maja 2013 podpisano umowę między PKM a obydwiema ww.