Juliusza Ulrycha, pełnił obowiązki przedstawiciela Ekspozytury Ministerstwa Spraw Wojskowych, nadzorującej ze strony polskiej organizację rosyjskich jednostek walczących przeciw bolszewikom. Awansował do stopnia majora. Przed wybuchem wojny został dyscyplinarnie zwolniony z wojska.
Działalność konspiracyjna (1939–1945) Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej powrócił do działalności wywiadowczej w podziemiu. Początkowo związał się z niezależną organizacją wywiadowczą „Muszkieterzy”, kierowaną przez Stefana Witkowskiego, która prowadziła głęboki wywiad na terenach okupowanych oraz na froncie wschodnim.
W późniejszym okresie wojny przeszedł do Polskej Armii Ludowej (PAL) – konspiracyjnej organizacji zbrojnej. Ze względu na swoje wysokie kwalifikacje zawodowe i przedwojenne doświadczenie w Sztabie Głównym, major Skwirczyński został mianowany szefem Oddziału II (Wywiadu i Kontrwywiadu) Sztabu Głównego PAL. Funkcję tę sprawował pod pseudonimem „Skuba”. Kierowany przez niego pion wywiadowczy zajmował się m.in.