Od 2016 roku przedstawiciele społeczności hinduskiej i sikhijskiej mieli gwarantowane miejsca w parlamencie.
Pomimo konstytucyjnych gwarancji wolności religijnej, jej faktyczne przestrzeganie było ograniczone przez słabość instytucji państwowych, wpływ dziedzictwa rządów talibów oraz społeczną presję wobec części grup religijnych. Szczególne kontrowersje dotyczyły kwestii apostazji oraz konwersji z islamu na inną religię. Jednym z głośniejszych przypadków była sprawa Abd ar-Rahmana, który w 2006 roku został zatrzymany w związku z przyjęciem chrześcijaństwa; postępowanie sądowe nie zostało jednak rozpoczęte, ponieważ uznano go za niezdolnego do udziału w procesie, a następnie udzielono mu azylu we Włoszech.
Afgańskie społeczeństwo pozostawało niemal w całości muzułmańskie. Zdecydowanie przeważali sunnici, natomiast szyici stanowili ok. 10–15% ludności. Przedstawiciele innych religii stanowili ok. 0,3% populacji i doświadczali dyskryminacji oraz presji społecznej. Afgańscy chrześcijanie często ukrywali swoją przynależność religijną z obawy przed negatywnymi konsekwencjami, natomiast większą swobodę w praktykowaniu religii mieli chrześcijanie pochodzący z zagranicy;