Kuratorem działu śródziemnomorskiego tego muzeum był archeolog , z którym Kober korespondowała od 1941 i który zabiegał o utworzenie przy muzeum ośrodka badań nad językiem minojskim () pod jej kierownictwem; plan upadł wraz z nagłą śmiercią Daniela w 1948.
Badania nad pismem linearnym B Kober zaczęła pracować nad pismem na początku lat 30. XX wieku, choć nie wykładała ani nie publikowała na ten temat aż do lat 40. XX wieku. W przeciwieństwie do innych ówczesnych badaczy, którzy swoją analizę pisma zaczynali od próby zidentyfikowania języka, jaki ono zapisuje, Kober uważała, że każda próba odczytania pisma linearnego B musi wychodzić od wewnętrznych danych zawartych na samych tabliczkach. Rozpoczęła pracę od analizy poszczególnych znaków na tabliczkach, zestawiając statystyki ich częstości występowania, pozycji, w jakich się pojawiały, oraz znaków, obok których występowały. W trakcie prac nad pismem wypełniła 40 zeszytów, a po tym, jak wybuch II wojny światowej utrudnił dostęp do papieru – około 180 tysięcy kart katalogowych wykonanych z makulatury, na których notowała wyniki swoich badań. Kober wykazała również, że wyraz oznaczający „sumę” występował w dwóch formach, używanych zależnie od rodzaju gramatycznego osób i zwierząt ujmowanych w zestawieniach.