W latach 2000–2022 była związana zawodowo z Wydziałem Hodowli i Biologii Zwierząt Politechniki Bydgoskiej (dawniej Akademii Techniczno-Rolniczej oraz Uniwersytetu Technologiczno-Przyrodniczego w Bydgoszczy – UTP), pracując m.in. w Katedrze Fizjologii Zwierząt i Zoofizjoterapii oraz Zakładzie Histologii Zwierząt. W 2024 objęła stanowisko profesora uczelni w Katedrze Nauk Podstawowych i Przedklinicznych Instytutu Medycyny Weterynaryjnej UMK w Toruniu.
Działalność badawcza i obszary specjalizacji Działalność naukowa Joanny Boguckiej sytuuje się na pograniczu morfologii, fizjologii zwierząt, nauk o żywieniu oraz jakości żywności. Do jej głównych zainteresowań badawczych należą:
Histologia i histometria zwierząt: Analiza mikrostrukturalna tkanek ze szczególnym uwzględnieniem narządów przewodu pokarmowego (np. rozwoju kosmków jelitowych i nabłonka) oraz tkanki mięśniowej u drobiu i świń. Modyfikacji in ovo i stymulacji mikrobiomu: ocena wpływu podawania substancji bioaktywnych (probiotyków, prebiotyków oraz synbiotyków) w okresie embrionalnym na wczesną modulację mikrobiomu jelitowego, zdrowotność oraz rozwój układu odpornościowego (tzw.