W 1664 roku przeprowadzono barokową reorganizację fasady. Przemieszczono i uporządkowano część herbów, popiersi i płyt inskrypcyjnych umieszczanych na elewacji przez kolejnych podestów i kapitanów. Prace te nadały fasadzie jej ostateczny układ, przy zachowaniu dominującego charakteru późnogotyckiego i renesansowego.
Po upadku Republiki Weneckiej w 1797 roku pałac utracił dotychczasową funkcję siedziby władz prowincjonalnych. W okresie austriackim urząd miejski przeniesiono do sąsiedniej Zbrojowni, a wnętrza Pałacu Pretorów wielokrotnie dostosowywano do potrzeb administracji. W 1923 roku budynek przekształcono na potrzeby sądu, co spowodowało dalsze zmiany historycznego układu pomieszczeń.
W latach 1968–1972 przeprowadzono zabezpieczenie konstrukcji i odnowiono główną fasadę. Na parterze urządzono restaurację Capris, jednak pozostała część pałacu przez dłuższy czas nie miała stałego użytkownika. Badania konserwatorskie rozpoczęte na początku lat 90. objęły analizę architektoniczną, archeologiczną, restauratorską i historyczną zespołu.