Dragonja odwadnia południową część regionu i na znacznym odcinku wyznacza granicę słoweńsko-chorwacką.
Naturalne zbiorniki wodne są nieliczne, natomiast ważną częścią krajobrazu wybrzeża są dawne i użytkowane saliny. Największy kompleks tworzą Sečoveljskie Saliny, położone przy ujściu Dragonji. Pozostałości dawnych terenów podmokłych Zatoki Koperskiej są chronione w rezerwacie Škocjanski zatok, obejmującym słonawą lagunę, słone łąki, trzcinowiska i odtworzone mokradła słodkowodne.
Klimat Klimat Istrii Słoweńskiej ma charakter podśródziemnomorski. Cechują go łagodne zimy, ciepłe lata, duże nasłonecznienie oraz jesienne maksimum opadów. Roczna suma opadów wzrasta od około 1000 mm na wybrzeżu do około 1500 mm na wyżej położonym wschodnim zapleczu, gdzie silniejsze są wpływy klimatu kontynentalnego i dynarskiego.
Charakterystycznymi zjawiskami są gwałtowne wiatry z kierunku północno-wschodniego, określane jako bora, oraz cieplejsze i wilgotniejsze wiatry południowe.