Po jego śmierci do przygotowanego wcześniej napisu nagrobnego dodano datę zgonu.
Corografia ecclesiastica Najważniejszym dziełem Naldiniego była książka Corografia ecclesiastica o’ sia descrittione della città e della diocesi di Giustinopoli, detto volgarmente Capo d’Istria, wydana w Wenecji w 1700 roku przez Girolama Albrizziego. Jej tytuł można przetłumaczyć jako „Chorografia kościelna, czyli opis miasta i diecezji Justinopolis, potocznie zwanej Capodistrią”. Publikacja liczy 492 strony zasadniczego tekstu, poprzedzone materiałami wstępnymi i uzupełnione indeksem, portretem autora oraz mapą.
Praca zawiera opis historii Kopru, organizacji diecezji, parafii, kościołów, klasztorów, bractw i miejscowego duchowieństwa. Naldini przedstawiał również tradycje dotyczące początków biskupstwa, sylwetki poprzednich biskupów, informacje o relikwiach, kulcie świętych oraz stosunkach wyznaniowych i językowych. Korzystał z dokumentów archiwalnych, wizytacji duszpasterskich, inskrypcji, wcześniejszej historiografii i własnych obserwacji.