Małgorzata, w przeciwieństwie do swych starszych sióstr, nie została wydana za mąż, wstąpiła bowiem do klasztoru klarysek we Wrocławiu. Małgorzata niewątpliwie potrafiła czytać i pisać, ponieważ wrocławskie klaryski w swoje szeregi do połowy XIV wieku przyjmowały prawie wyłącznie dobrze wykształcone kobiety z rodów książęcych i szlacheckich (polskich, czeskich i niemieckich), zaś samo złożenie ślubów było wprowadzeniem w krąg elity społecznej średniowiecznego Wrocławia. Podobnie jak inne księżniczki z rodu książąt wrocławskich (córka Henryka II Pobożnego Jadwiga, zm. 1318, a także dwie córki Henryka V Brzuchatego: Anna, zm. 1343 i Elżbieta, zm. 1357/1358), Małgorzata również została ksienią (opatką) klasztoru klarysek we Wrocławiu i sprawowała tę funkcję prawie dwadzieścia lat, od 1359 roku do roku 1378.
Jest znana data dzienna śmierci Małgorzaty (8 marca), jednak data roczna budzi wątpliwości: miało to miejsce prawdopodobnie w 1379 (w tym roku nową ksienią klasztoru została kolejna Piastówna, Jadwiga, córka księcia niemodlińskiego Bolesława, siostrzenica Małgorzaty), lecz nie później niż w 1385.