Po upływie około dziesięciu–piętnastu lat od pochówku część grobów otwierano ponownie. Czaszki i większe kości oczyszczano, suszono, a następnie układano w ossuarium, zwalniając miejsce na kolejne pochówki. Przeniesienie szczątków miało charakter wtórnego obrzędu pogrzebowego, podczas którego zachowywano pamięć o osobie zmarłej i jej przynależności rodzinnej.
Zwyczaj ten nie obejmował wszystkich zmarłych mieszkańców Hallstatt. Podczas inwentaryzacji prowadzonej w latach 1948–1950 zarejestrowano 2104 czaszki, zarówno dekorowane, jak i pozbawione malowideł. Liczba ta stanowiła jedynie niewielką część osób odnotowanych w miejscowych księgach zgonów, co wskazuje, że przenoszenie szczątków do ossuarium zależało od tradycji rodzinnej, decyzji krewnych oraz dostępności miejsca.
Dekorowane czaszki Zwyczaj malowania czaszek rozwinął się w Hallstatt około 1720 roku, a największe rozpowszechnienie osiągnął w XVIII i XIX wieku. Dekoracje wykonywali grabarze, rzemieślnicy lub inni mieszkańcy posiadający odpowiednie umiejętności. Na czaszkach umieszczano imię i nazwisko zmarłego, inicjały, datę śmierci, krzyż oraz motywy roślinne.