Jego celem było przekonanie społeczeństwa, że zakony i klasztory stanowiły zagrożenie dla bezpieczeństwa państwa, a ich likwidacja była koniecznym działaniem obronnym.
Osiem dni po ogłoszeniu wyroków, w nocy z 13 na 14 kwietnia 1950 roku, funkcjonariusze StB i Korpusu Bezpieczeństwa Narodowego oraz członkowie Milicji Ludowej zajęli pierwsze klasztory. Zakonników wywożono do klasztorów centralizacyjnych i ośrodków internowania, a należące do wspólnot budynki oraz majątek przejmowało państwo.
Proces stał się również wzorcem dla kolejnych postępowań antykościelnych, między innymi procesu „Zela i inni” przeciwko biskupowi pomocniczemu Stanislavowi Zeli i ośmiu innym duchownym oraz procesu słowackich biskupów Jána Vojtaššáka, Michala Buzalki i Pavla Petera Gojdiča.
Więzienie skazanych Po ogłoszeniu wyroku skazanych przetrzymywano początkowo w więzieniu na Pankrácu, a następnie przewieziono do Mírova i Valdic. W Valdicach umieszczono ich w ścisłej izolacji. Mogli wychodzić na krótki spacer jedynie dwa razy w tygodniu, nie wolno im było prowadzić korespondencji ani utrzymywać kontaktu z pozostałymi więźniami.