Katolickie zakony uznawano za szczególnie niebezpieczne ze względu na ich międzynarodową strukturę, zależność od przełożonych znajdujących się za granicą, działalność wychowawczą, wydawniczą i duszpasterską oraz wpływ na młodzież.
Pierwotnie władze zamierzały przeprowadzić pokazowy proces proboszcza Josefa Toufara, związanego z wydarzeniami określanymi jako cud w Číhošťu. Toufar zmarł jednak 25 lutego 1950 roku w więziennym szpitalu wskutek obrażeń odniesionych podczas brutalnego śledztwa. Następnego dnia prezydent Klement Gottwald wskazał likwidację męskich zakonów jako jedno z najważniejszych bieżących zadań władz.
Prezydium Komitetu Centralnego KPCz zdecydowało, że przed przystąpieniem do likwidacji klasztorów należy przeprowadzić proces ich przedstawicieli. Miał on skompromitować zakony w oczach opinii publicznej oraz wykazać, że klasztory były rzekomo ośrodkami szpiegostwa, przechowywania broni i działalności przeciwko państwu.
Aresztowania i śledztwo Pierwszych oskarżonych aresztowano w związku ze sprawą Číhošťu. Opat klasztoru premonstratensów w Želivie został zatrzymany 30 stycznia 1950 roku, a opat z Novej Říše – 3 lutego. Stanislava Bartáka aresztowano 8 lutego.