Pozostałych zakonników zatrzymano między 14 a 18 marca.
Ostateczny wybór dziesięciu oskarżonych należał do ministra sprawiedliwości i przewodniczącego Państwowego Urzędu do Spraw Kościelnych . Wśród nich znaleźli się przełożeni zakonni, znani teologowie, kaznodzieje, wychowawcy młodzieży i redaktorzy wpływowych czasopism katolickich. Dziewięciu oskarżonych było Czechami, natomiast jedynym Słowakiem był greckokatolicki redemptorysta Ján Ivan Mastiliak.
Śledztwo prowadzono w przyspieszonym tempie. Ostatniego z oskarżonych, Františka Šilhana, zatrzymano 18 marca, natomiast akt oskarżenia był gotowy już 27 marca. Podczas przesłuchań stosowano przemoc fizyczną i psychiczną, pozbawianie snu, długotrwałe przesłuchania oraz naciski mające skłonić więźniów do podpisania przygotowanych zeznań. Późniejsze badania wykazały, że materiał dowodowy był niewystarczający, a część zarzutów oparto na wypaczonych faktach lub dowodach wytworzonych przez funkcjonariuszy bezpieczeństwa.