Od 1 października 2020 roku pracuje na stanowisku profesora w Instytucie Medycyny Weterynaryjnej UMK w Toruniu w Katedrze Ochrony Zdrowia Publicznego i Dobrostanu Zwierząt.
Działalność naukowa i organizacyjna Obszary badań Działalność badawcza prof. Deptuły koncentruje się na:
Mechanizmach odporności komórkowej i humoralnej u zwierząt (ze szczególnym uwzględnieniem królików, bydła i ryb). Wirusologii i diagnozowaniu schorzeń wirusowych (m.in. wirusa krwotocznej choroby królików – RHD/VHD, wirusa EBHS u zającowatych oraz Rhabdovirus carpio u ryb). Badaniach nad bakteriami z rodzaju Chlamydia (Chlamydia trachomatis, Chlamydia psittaci). Mikrobiologii środowiska wodnego (w tym ocenie obecności bakteriofagów RNA/DNA oraz bakterii wskaźnikowych w zbiornikach wodnych). Procesach apoptozy leukocytów krwi obwodowej w przebiegu zakażeń wirusowych.
W latach 1980–2018 kierował lub był głównym wykonawcą 18 projektów badawczych i wdrożeniowych finansowanych przez instytucje krajowe.
Działalność dydaktyczna i kształcenie kadr Na Uniwersytecie Szczecińskim utworzył unikatowy w skali kraju kierunek studiów mikrobiologia oraz był współorganizatorem kierunku biotechnologia.