15 czerwca 1812 otrzymał list podpisany przez trzydziestu dziewięciu notabli z Andros, jego rodzinnej wyspy, którzy zapraszali go, by przybył nauczać tam filozofii w szkole, którą zamierzali wybudować. We wrześniu jednak Akademia w Kydonies zaproponowała mu wejście do grona profesorskiego, a także objęcie jej kierownictwa w miejsce Benjamina z Lesbos. Ten został pozbawiony stanowiska przez hierarchię prawosławną. Zarzucano mu wprowadzenie do nauczania „niebezpiecznych nowinek”, a przede wszystkim negowanie boskiego wcielenia. Kairis musiał udać się do Konstantynopola i zaświadczyć przed patriarchą ekumenicznym o czystości swojej wiary. Choć Kairis przyjął posadę w Kydonies, zdołał jednak przekonać mieszkańców Andros do wybudowania zaplanowanej szkoły, gdyż wyspa jej potrzebowała. Powstała ona w Kato-Kastro (Chorze).
Nauczanie w Akademii w Kydonies Kairis podjął w 1812 roku. Nauczał tam bardzo wielu przedmiotów ścisłych: matematyki (geometrii analitycznej oraz rachunku różniczkowego i całkowego), mechaniki teoretycznej, fizyki, chemii teoretycznej i doświadczalnej, astronomii, geografii, meteorologii i biologii. Jego wykłady przyciągały uczniów z całego świata greckiego. Zawsze opierały się one na wynikach najnowszych badań.