Po głośnej porażce w leczeniu niewidomej pianistki Marii Theresii von Paradis Mesmer został w Wiedniu zdyskredytowany i pozbawiony jakiegokolwiek poparcia w środowisku lekarskim, wskutek czego w styczniu 1778 wyjechał do Paryża, dokąd dotarł w lutym tego roku. Zmarł w Meersburgu w Wielkim Księstwie Badenii 5 marca 1815, ponad 30 lat po pracach komisji.
Według Yeatesa Mesmer nie był twórcą nowej techniki, lecz autorem ogólnej, metaforycznej koncepcji wyjaśniającej, opartej na analogiach do grawitacji, magnetyzmu ziemskiego i hydrauliki. Rosen i Tatar sytuują jego propozycję w granicach ówczesnej (protonaukowej) myśli osiemnastowiecznej, czerpiącej z pojęć takich jak dawna patologia humoralna, teoria pobudliwości Albrechta von Hallera i teoria pobudzenia Johna Browna.
Swoje terapie ujmował naturalistycznie: miały być interwencjami fizjologicznymi, nie psychologicznymi, w przeciwieństwie do praktyk księdza (1729–1779), które Mesmer w 1775 roku interpretował w kategoriach naturalistycznych, a nie nadprzyrodzonych. Mesmer odegrał istotną rolę w głośnym sporze wokół uzdrowień Gassnera, toczonym w Monachium około 1775.