Jego zasadniczym celem było zorganizowanie, planowanie, koordynowanie i kontrolowanie działalności przedsiębiorstw zajmujących się skupem, przetwórstwem oraz zagospodarowaniem jaj i drobiuMieczysław Hoffmann, Przemysł rolny i spożywczy w Polsce Ludowej, Warszawa, Państwowe Wydawnictwa Techniczne, Warszawa 1953..
Do podstawowych zadań CZPJD należało przede wszystkim organizowanie produkcji w gospodarstwach rolnych, dostarczanie środków produkcji, zwłaszcza pasz treściwych i przeprowadzenie skupu produktów rolnych. Istotnym elementem jego działalności było również wydawanie zarządzeń i instrukcji regulujących funkcjonowanie podległych jednostek oraz sprawowanie nad nimi kontroliWiesław Kosiński, Spółdzielczość w Polsce Ludowej 1944–1955, Centralny Związek Spółdzielczy, Warszawa 1957..
W szerszym ujęciu CZPJD stanowił instrument centralizacji zarządzania państwowym sektorem jajczarsko-drobiarskim. Jego działalność miała zapewnić podporządkowanie produkcji, skupu i przetwórstwa jaj oraz drobiu zasadom gospodarki planowej i umożliwić państwu bezpośredni nadzór nad tym sektorem gospodarki żywnościowej.