W trakcie swojej służby kilkakrotnie wyjeżdżał na zagraniczne inspekcje obiektów portowych, a w styczniu 1900 został wysłany do Port Artur jako doradca komitetu opracowującego plany tamtejszego portu i twierdzy. Zaproponował budowę drugiego wyjścia z portu do zatoki Pigeon Bay (chiń. Jiu Wan), które jednak nie zostało zrealizowane.

Budową portu wojennego w Lipawie MacDonald zajmował się przez prawie 20 lat. W tym czasie aktywnie też uczestniczył w życiu społecznym miasta. W 1902 został wybrany do rady miejskiej. Pełnił również funkcję wiceprzewodniczącego miejscowego zarządu Czerwonego Krzyża oraz prezesa lipawskiego oddziału Cesarsko-Rosyjskiego Towarzystwa Technicznego. W 1895 otrzymał awans na stopień generała majora, a później awansował na generała porucznika.

Według autorów rosyjskiej Encyklopedii Wojskowej Sytina, budowa portu wojennego w Lipawie, począwszy od sztucznych basenów, kanału z licznymi molami i dokami, po drogi, sieć wodociągową i cały kompleks budynków, świadczyła o niezwykłych umiejętnościach organizacyjnych MacDonalda, który wyróżniał się wysoką etyką pracy, skrupulatną precyzją oraz stanowczością i wytrwałością.

Generał MacDonald, chorując na cukrzycę, wyjechał na leczenie do Warszawy, jednak zmarł tam na zapalenie płuc w wieku 56 lat.