W wyniku II rozbioru Polski, większa część dawnego województwa brzeskokujawskiego, przypadła Prusom, zaś po III rozbiorze powiaty brzeski, kowalski i radziejowski przyłączone zostały do departamentu poznańskiego w Prusach Południowych. Stan ten trwał aż do czasu zjednoczenia ziem polskich w 1807 roku (Księstwo Warszawskie). Na początku XIX wieku Radziejów liczył zaledwie 813 mieszkańców.
W dobie Księstwa Warszawskiego Radziejów wielokrotnie dotykała ekspansja licznych oddziałów wojskowych oraz rabunkowa gospodarka wojenna, co spowodowało dalsze zubożenie mieszkańców miasta. Po klęsce Napoleona i zaborze Księstwa Warszawskiego przez Rosjan, uległa zmianie struktura zarządzających władz oraz podział administracyjny. Powiaty: brzeski, kowalski i radziejowski połączono w obwód kujawski z siedzibą władz komisarza we Włocławku przyporządkowane pod protektorat mazowieckich władz wojewódzkich w Warszawie. Położenie graniczne Radziejowa, którym kierował burmistrz przy pomocy urzędników magistrackich, miało wpływ na stosunki wewnętrzne oraz nobilitowało miasto.