Urzędy i działalność polityczna W maju 1529 uczestniczył w kolejnej misji dyplomatycznej do Francji, a w tym samym roku został wybrany posłem z Surrey do parlamentu angielskiego. 3 listopada 1529 objął urząd kanclerza Księstwa Lancaster i zachował go do śmierci. W 1535 jako królewski komisarz działał w Calais, gdzie uczestniczył w porządkowaniu spraw administracyjnych miasta i otaczającego je terytorium. W 1536 odpowiadał za ustawę dotyczącą Calais (Calais Act), a w drugiej połowie lat 30. XVI wieku uczestniczył w rozwiązywaniu tamtejszych konfliktów religijnych. W tym samym roku zasiadał w trybunale, przed którym stanęli Henry Norris i trzej inni mężczyźni oskarżeni w sprawie Anny Boleyn. 16 sierpnia 1536 zastąpił Henryka FitzRoya na urzędzie lorda admirała Anglii i pozostawał na nim do 18 lipca 1540. W 1536 brał także udział w działaniach Korony związanych z rebelią w Lincolnshire i Pielgrzymką Łaski. 18 października 1537 Henryk VIII nadał mu tytuł hrabiego Southampton. W listopadzie 1538 Fitzwilliam przesłuchiwał Margaret Pole, hrabinę Salisbury, która następnie była przetrzymywana w jego posiadłości Cowdray. W 1539, wobec zagrożenia inwazją, dowodził flotą w Portsmouth. 11 grudnia 1539 powitał w Calais Annę z Kleve przed jej podróżą do Anglii.