Początek reformy religijnej Najprawdopodobniej Teje, żona faraona, zaproponowała mu zmianę dogmatów, stając się prekursorką reformy religijnej, później tak gorliwie wdrażanej, dającej początek okresowi w dziejach Egiptu, znanemu jako okres amarneński. Zmiany, choć najmocniej widoczne za panowania następcy Amenhotepa III, były widoczne już za jego panowania.

Widać to po kulcie faraona. Święto sed miało na celu odnowienie sił faraona po latach rządzenia, coraz bardziej przybliżając go do ludzi. Amenhotep wykorzystał trzy rytuały, aby ogłosić się wcieleniem Ra. Jednocześnie faraon twierdził, że jego prawdziwym ojcem był Amon-Ra, który przyjął postać Totemesa IV. Szczególnie mocno widać to w świątyniach wzniesionych przez władcę w Soleb i Sedeinga, gdzie władca był czczony niczym bóg słońca.