Po jakimś czasie nastąpiła potrzeba powiększenia świątyni, co uczyniono około 1585, rozbierając kościół Matki Bożej, a pozyskany materiał wykorzystano przy budowie. W pobliżu kościoła znajdował się cmentarz i tradycyjnie uważa się, że było to miejsce zbiorowego pochówku ofiar epidemii dżumy z lat 1592–1593. Dokument z wizyty biskupa Tomása Gargallo z 1594 wymienia już pięć ołtarzy w rozbudowanym kościele.
Wraz ze wzrostem liczby mieszkańców Siġġiewi oraz postępem w architekturze sakralnej, w latach 1594–1625 kościół został ponownie rozbudowany, przyjmując kształt krzyża. W sprawozdaniu z wizyty 8 grudnia 1625 biskup Baldassare Cagliares wymienia już siedem ołtarzy w kościele, a to: św. Mikołaja (ołtarz główny), Matki Bożej Różańcowej, św. Katarzyny, św. Piotra, św. Rocha, Oczyszczenia Najświętszej Maryi Panny oraz św. Jana Chrzciciela.
Około 1672 dach kościoła został poważnie uszkodzony. Jego naprawa pochłonęłaby mnóstwo pieniędzy, a poza tym świątynia stała się już niewystarczająca dla zwiększającej się populacji Siġġiewi (w owym czasie w miejscowości mieszkało prawie 1800 osób).