Do zakresu działania Centrali należało przede wszystkim organizowanie i koordynowanie zwalczania szkodników zbożowo-mącznych w podległych zakładach i magazynachHenryk MłodeckI, Szkody wyrządzane przez roztocze magazynowe i stosunek higienisty do środków spożywczych porażonych przez te szkodniki. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych, 1965, nr 53.. Obejmowało to ustalanie zasad przeprowadzania zabiegów dezynsekcyjnych i dezynfekcyjnych, nadzorowanie ich wykonania oraz upowszechnianie metod zapobiegania pojawianiu się i rozmnażaniu szkodników. Istotnym zadaniem było również zapewnienie odpowiednich środków technicznych i materiałów potrzebnych do prowadzenia akcji zwalczania szkodnikówZofia Gołębiowska, Jan Nawrot, Synteza badań polskich prowadzonych w latach 1947–1969 nad owadami–szkodnikami magazynowanych nasion. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych, 1971, nr 113..
Centrala sprawowała ponadto nadzór organizacyjny i fachowy nad jednostkami wykonującymi zadania w zakresie ochrony magazynowanego zboża i produktów zbożowych. Koordynowała ich działalność, opracowywał wytyczne dotyczące prowadzenia zabiegów oraz kontrolował prawidłowość ich wykonywania.