W 1819 roku namiestnik Królestwa Polskiego Józef Zajączek zdecydował o likwidacji kompleksu bonifratrów. Zakonnicy zostali przeniesieni do dawnego klasztoru reformatów przy obecnej ul. Bernardyńskiej, a kościół, klasztor i pozostałe zabudowania przeznaczono do rozbiórki.
Prace rozpoczęto jeszcze w 1819 roku. W marcu 1820 roku zabudowania bonifraterskie już nie istniały. Powstała w ich miejscu otwarta przestrzeń została urządzona jako plac Musztry i stała się zasadniczą częścią późniejszego placu Litewskiego.
Bonifratrzy kontynuowali działalność w Lublinie. Po okresie pobytu w zabudowaniach poreformackich zostali związani z dawnym zespołem karmelitów trzewiczkowych przy kościele św. Eliasza Proroka, gdzie funkcjonował szpital św. Jana Bożego.
Badania archeologiczne Pozostałości kościoła i cmentarza zachowały się pod powierzchnią placu Litewskiego. Badania archeologiczne prowadzone na tym terenie umożliwiły ustalenie położenia i zasadniczego rzutu murowanej świątyni.
Szczególnie rozległe prace przeprowadzono podczas rewitalizacji placu w latach 2016–2017.