Cmentarz Przy zespole bonifraterskim funkcjonował cmentarz, użytkowany przede wszystkim w związku z działalnością klasztornego szpitala. Nekropolia znajdowała się głównie na wschód od kościoła. Jej intensywne wykorzystywanie doprowadziło do powstania kilku nakładających się poziomów pochówków.
Znaczna część cmentarza została przebadana podczas prac archeologicznych związanych z przebudową placu Litewskiego w 2016 roku. Na powierzchni około 420 m² odkryto 290 grobów i skupisk kości, odpowiadających szczątkom ponad 400 osób.
Badania antropologiczne wykazały przewagę pochówków mężczyzn oraz liczne ślady chorób i urazów. Na niektórych szkieletach stwierdzono m.in. ślady zagojonych obrażeń, amputacji i trepanacji, co badacze wiążą z działalnością szpitalną prowadzoną przez bonifratrów.
W grobach odnajdywano również przedmioty związane z religijnością zmarłych, m.in. różańce i medaliki.
Likwidacja zespołu Na początku XIX wieku stan zabudowań bonifraterskich był zły. Jednocześnie władze Królestwa Polskiego planowały utworzenie na Krakowskim Przedmieściu dużego placu przeznaczonego do ćwiczeń i parad wojskowych.