W 1730 Rachetti przygotował nowy projekt, określany w źródłach jako „abrys”. Dotychczas wykonane mury rozebrano do fundamentów, a w 1731 rozpoczęto realizację nowej świątyni. Rachetti odpowiadał za projekt oraz nadzorowanie pierwszej fazy robót. Majstrem budowlanym był Józef Kaczkowski z Janowa. Za półroczny okres pracy Rachetti otrzymał wynagrodzenie w wysokości 1000 złotych polskich, podczas gdy łączne wynagrodzenie zatrudnionych przy budowie murarzy i pomocników wynosiło 3456 złotych.
Prace postępowały szybko – w listopadzie 1732 znaczna część kościoła była już wzniesiona, jednak w 1736 budowla nadal pozostawała nieukończona. Dalsze prace prowadzono etapami, a zasadniczą budowę zakończono dopiero w połowie XVIII wieku.
Problem autorstwa architektury kościoła, zwłaszcza jego monumentalnej fasady, pozostaje przedmiotem dyskusji. Kontrakt wymienia Rachettiego jako architekta odpowiedzialnego za projekt i budowę, jednak fasada wykazuje bardzo bliskie analogie do dzieł Karola Antoniego Baya, przede wszystkim do fasady kościoła Wizytek w Warszawie.