Współczesna ludzkość tworzy organizacje zajmujące się walką z Honkai. Jedną z nich jest Schicksal, która szkoli wojowniczki określane jako Walkirie. Inne znaczące ugrupowania to Anti-Entropy i World Serpent.
Początkowa część głównej historii koncentruje się na Kianie Kaslanie, Raiden Mei i Bronyi Zaychik, uczennicach akademii St. Freya uczestniczących w walkach z Honkai. Z czasem ich historia zostaje powiązana z konfliktem między organizacjami walczącymi o przyszłość ludzkości oraz z kolejnymi pojawiającymi się Herrscherami.
Part 2 przenosi główny punkt ciężkości fabuły na nowe postacie i wydarzenia związane z Marsem, pozostając częścią tej samej gry i kontynuacją wcześniejszej historii.
Produkcja i wydanie Prace nad Honkai Impact 3rd rozpoczęły się w 2014 roku. Według prezesa miHoYo Liu Wei zespół liczył w 2018 roku około 200 osób, z czego ponad połowa zajmowała się bezpośrednio badaniami i rozwojem.
Twórcy jako istotne źródła inspiracji dla systemu walki wskazywali serie Devil May Cry i Bayonetta. Celem było przeniesienie na urządzenia mobilne płynnego, trójwymiarowego systemu walki kojarzonego wcześniej z grami konsolowymi.