Jednym z głównych problemów projektowych było dostosowanie złożonych kombinacji ataków do sterowania za pomocą wirtualnego kontrolera na ekranie dotykowym.
Gra od początku została zaprojektowana w modelu free-to-play. Liu Wei tłumaczył tę decyzję chęcią zapewnienia możliwie szerokiego dostępu do produkcji i rozwijania marki Honkai.
Po premierze w Chinach gra była stopniowo wprowadzana na kolejne rynki. W Japonii ukazała się w lutym 2017 roku, a pod koniec marca 2018 roku wydano wersję przeznaczoną dla Ameryki Północnej i Europy.
26 grudnia 2019 roku udostępniono samodzielnego klienta Windows. Obsługiwał on wspólne konto i postępy z wersjami mobilnymi. W październiku 2021 roku gra została również wydana w serwisie Steam.
29 lutego 2024 roku zadebiutowała aktualizacja Part 2, rozpoczynająca nowy główny etap rozwoju gry. 25 kwietnia tego samego roku Honkai Impact 3rd został wydany na macOS. Wersja ta została przygotowana dla komputerów z układami Apple M i obsługiwała między innymi natywną rozdzielczość ekranu oraz odświeżanie do 120 Hz.