W XVI wieku wieś zamieszkiwało kilkadziesiąt osób. W 1564 r. wzmiankowanych jest 33 kmieci osiadłych, z których 21 płaci czynsz, „jako który wiele wykopał” oraz 12 kmieci nowych osiadających na surowym korzeniu korzysta z wolnizny. W owym roku wyliczono stado owiec na 920 sztuk.
W 1624 roku dzierżawę nad nowotarszczyzną przejął Mikołaj Komorowski, przeciw któremu w 1630 roku górale wraz z jednym z przywódców, klikuszowianinem Piotrem Czerwińskim, podnieśli bunt.
W 1750 roku Czerwińscy utracili sołectwo na rzecz krakowskiej rodziny Soldadinich. W 1770 roku po zajęciu przez Austrię starostwa nowotarskiego w Klikuszowej wyznaczono przejście graniczne polsko-węgierskie.
W 1819 roku Klikuszową i kilka innych wsi zakupił Sebastian Stadnicki. Później jako właściciele notowani byli Leon Stadnicki, Konrad Fihauser i Józef Silberschütz, który po 1880 roku stopniowo wyprzedał dobra klikuszowskie okolicznym chłopom. Dwie wielkie powodzie – w 1893 i 1907 roku przyniosły wielkie zniszczenia we wsi.
W dwudziestoleciu międzywojennym w osadzie działały aż trzy sklepy, tartak, Spółka Oszczędności i Pożyczek, a od 1923 roku Ochotnicza Straż Pożarna.