Podczas drugiej wojny światowej wielu mieszkańców brało udział w konspiracji. Na terenie wsi niemieckie władze okupacyjne przeprowadziły kilka egzekucji. 13 września 1939 rozstrzelano m.in. mieszkańców Szaflar: Stanisława Łukaszczyka ps. "Maćków", Józefa Waksmundzkiego ps. "Buławski" za rzekome posiadanie broni.
W okresie PRL, w 1959 roku przeprowadzono elektryfikację miejscowości.
Od lat 60. XX wieku w Klikuszowej działa kamieniołom, w którym wydobywany jest piaskowiec magurski. Obecnie kamieniołom należy do Kopalni Odkrywkowej Surowców Drogowych w Rudawie (własność francuskiej spółki Lafarge Kruszywa).
Z historią wsi ściśle związana jest historia kościoła pod wezwaniem św. Marcina., kótry w XVI w., najprawdopodobniej między 1526 a 1539 rokiem stał się kościołem filialnym parafii św. Katarzyny w Nowym Targu. W 1727 roku powódź zniszczyła konstrukcję klikuszowskiej świątyni. W 1753 roku przedstawiciel dawnej rodziny sołtysiej ufundował w Klikuszowej nowy kościół, a w 1766 roku we wsi utworzono ekspozyturę nowotarskiej parafii św. Katarzyny. W okresie od 1878 do 1889 roku wybudowano nowy, murowany kościół.