W 1603 r., gdy zmarł sołtys o nazwisku Korycki, starosta ostródzki przydzielił włoki sołeckie burgrabiemu ostródzkiemu – Sebaldowi Pfelau. W 1612 r. majątek ziemski w Kraplewie liczył 40 włók i należał do Zygmunta Birckhama, starosty działdowskiego. Później majątek był własnością książęcą i pracowało w nim 12 chłopów. W latach 1609–1621 tutejszym pastorem był Paweł Lupiński (głosił kazania także w Brzydowie). Wspomniany pastor korzystał z części czynszów za wydzierżawione włóki kościelne. Od 1934 r. pastorem był Krzysztof Kluge. W 1646 pastorem w Kraplewie został Jan Węgierski (uprzednio był zakonnikiem franciszkańskim, który 5 lat wcześniej przeszedł na protestantyzm). W latach 1650–1675 Kraplewo należącego do Jerzego i Krzysztofa Fincków. Od 1673 r. pastorem kraplewskim był August Czerkaski.
Pod koniec XVII w. połączona parafię w Kraplewie z parafią w Durągu. W tym czasie pastorem był Jan Skubowius. W 1714 r. właściciel majątki, niejaki Pentzig, obsadził parafię kraplewską byłym nauczycielem Abrahamem Pawlackim. W 1734 r., po śmierci pastora Jakuba Radzkiego, do parafii włączono Brzydowo. W 1739 r. wybudowano we wsi nowa szkołę (zatrudniony był jeden nauczyciel).