Królestwo Prus Po III rozbiorze Polski Krasnopol znalazł się w Królestwie Prus w prowincji Prusy Nowowschodnie w powiecie wigierskim. Na przełomie XVIII i XIX w. Krasnopol liczył 533 mieszkańców i 172 domy, z czego Żydzi stanowili 4,5% (40 osób). W mieście działało 29 rzemieślników. Miejscowość miała charakter rolniczy, zajmując 120 włók. Liczba hodowanych zwierząt przedstawiała się następująco: 137 koni, 170 wołów, 180 krów, 99 cieląt, 375 owiec i 614 świń. W czasach panowania pruskiego Krasnopol utracił prawa miejskie.
Księstwo Warszawskie i Królestwo Kongresowe 5 lipca 1807 Krasnopol został zajęty przez brygadę gen. Stanisława Fiszera. Krasnopol wszedł następnie w skład departamenty łomżyńskiego w Księstwie Warszawskim.
W 1827 w Krasnopolu zamieszkiwało 1414 mieszkańców, zaś w 1880 liczba ludności wynosiła 2246 osób. W 1862 w miejscu drewnianego kościoła wybudowano murowaną, późnoklasycystyczną świątynię Przemienienia Pańskiego. W XIX wieku Krasnopol, podobnie jak inne miejscowości powiatu sejneńskiego, specjalizował się ówcześnie w uprawie chmielu.
W trakcie powstania styczniowego pod Krasnopolem 26 sierpnia 1863 miała miejsce potyczka oddziału dowodzonego przez Reklewskiego i Dahlena.