W 1493 w Kubaczynie dziedzice uprawiali 3 łany kmiece opustoszałe, a kmiecie 9 łanów opustoszałych. W 1510 w Kubaczynie odnotowano dziedzica, a więc prawdopodobnie we wsi był także folwark, 2,5 łana osiadłego, 6,5 łana opuszczonego, z których tenutariusz Wąbiewski uprawiał 1,5 łana, a pozostałe leżały odłogiem. W 1530 miał miejsce pobór podatkowy we wsi od jednego łana. W 1563 pobrano podatki od 2 i ¼ łana, karczmy dorocznej, wiatraka dorocznego. W 1564 pobrano dziesięciny z 5,5 łana. W 1581 płatnikami poboru byli Stanisław oraz Piotr Ujejscy, którzy zapłacili od ¾ łana, jednego zagrodnika, jednego najemnego robotnika od pługa zwanego ratajem oraz od krawca.
W dokumentach z XV wieku wymieniane są w Kubaczynie: sad, ostrów (w znaczeniu: zarośnięta wyspa rzeczna), zapust, łąki, staw rybny, struga Mogilnica oraz pola w stronę m.in. wsi Drożyn (dziś Drużyń), Kotowo i Ząbrsko (Zemsko). W 1566 roku wzmiankowany jest tu dwór zwany Obórką, Dół Kuszczyński oraz droga granowska.
W „Księdze uposażenia diecezji poznańskiej z roku 1510" wieś jest indeksowana pod nazwami Cubaczino lub Kubaczino, z adnotacją, że należała wówczas do parafii w pobliskim Drużyniu.
W książce „Transakcje chłopami w Rzeczypospolitej szlacheckiej (w. XVI – XVIII)” cytowany jest zapis przekazania pewnego chłopa zamieszkałego w XVI w.