W 1581 przy podziale dóbr pomiędzy braćmi Stanisławem i Andrzejem Kurnatowskimi wymieniono szereg obiektów we wsi i okolicy: strugę bez nazwy, do której wpadała strużka Wielka, staw Wierszny, Nadolny, staw nowy z wolną strugą idącą od jeziora Dupiny, a także jeziora Długie, Wyrzyna, Czyste, Dupina. Odnotowano także stawek na smugu, przy nim błota, młyn, łąkę przy kopaninie pod okrągłym laskiem, dział „w borku pod góry” oraz kolejno Długi Las, wielką i małą łąkę, ostrów pod Zapalczem, folwark przy Osełce, a także ostrówki przy końcu Jeziora Dupiny, ostrowy położone w stronę Chwalimia, w stronę Kurnatowic z młyniskiem, między borkiem, a dąbrówką oraz łąkę o nazwie Walaskowa.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość wzmiankowana jako Kurnatowo należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Międzyrzecz w rejencji poznańskiej. Kurnatowo należało do okręgu kwileckiego tego powiatu i stanowiło część majątku Kwilcz, którego właścicielem był wówczas Arseni Kwilecki.