w tym okresie malarz mieszkał w domu Juana Suareza de Toledo, a następnie w parafii Santo Tome w domu markiza de Villey. W archiwach z tego okresu nie znaleziono wzmianki na jej temat. Jej nazwisko nie było również wymieniane w testamencie El Greca oraz w dokumencie z 1616 uprawniającym jedynie Jorge Manuela do zarządzania spadkiem po swoim ojcu.
thumb|left|Rodzina El Greca obraz syna El Greca Jorge Manuela Theotocópulisa
El Greco miał jednego syna: Jorge Manuela Theotocópulisa. Artysta już od jego najmłodszych lat przyuczał go do malarstwa i wprowadzał w arkana sztuki. Bardzo często przedstawiał go na swoich obrazach; po raz pierwszy ukazał go jako pazia w Pogrzebie hrabiego Orgaza. Jego twarz ma św. Marcin na koniu (Święty Marcin i żebrak), można również dopatrzyć się podobnych rysów twarzy w kilku religijnych obrazach El Greca. Jorge w pracowni ojca zajmował się głównie kopiowaniem jego prac. W wieku dziewiętnastu lat (1587) El Greco umieścił jego nazwisko w umowie na wykonanie retabulum do wielkiego ołtarza królewskiego klasztoru Matki Boskiej z Gwadelupy. Zamówienie opiewające na wielką kwotę szesnastu tysięcy dukatów i przewidujące termin realizacji prac na sześć lat miało klauzulę, w której w razie śmierci artysty zobowiązywano Jorge Manuela i Francesca Preboste do ukończenia prac.