W miarę upływu lat Jorge wraz z ojcem pracował nad kilkoma kolejnymi dziełami, np. w 1603 przy ołtarzu do kaplicy św. Bernarda w Toledo. W 1603 Jorge Manuel otrzymał zlecenie na zaprojektowanie nowej części ornamentacyjnej retabulum. Prace zostały wykonane dobrze, a Jorge otrzymał kolejne zlecenie. Od tego momentu syn El Greca uzyskał niezależność artystyczną; pracował na własny rachunek, czego dowodem było zamówienie na projekt odbudowy teatru w Toledo, Casa de las Comedias. Manuel stał się znanym architektem. Powszechnie za portret Manuela uważa się obraz Portret artysty, choć historyk August L. Mayer bardzo kategorycznie odrzucał taką interpretację. Pod koniec życia El Greca powstał obraz Rodzina El Greca. W dużej mierze jego autorem był Jorge. Obraz przedstawia rodzinę mistrza: młoda haftująca kobieta to prawdopodobnie doña Alfonsa de los Morales, żona Jorge Manuela. Jej twarz jest uderzająco podobna do rysów damy z portretu Kobieta z kwiatem we włosach, jedynego portretu kobiety sygnowanego przez El Greca. Mały chłopiec u dołu to syn Manuela, Gabriel. Identyfikacja starszej kobiety na portrecie przysparza więcej kontrowersji.