W 1595 zmarł Baltazar II, jego majątek został podzielony pomiędzy trzech synów Melchiora, Kaspra i Baltazara III. Po 1610 poza murami miejskimi powstał cmentarz ewangelicki i wybudowano na nim kaplicę. Podczas wojny trzydziestoletniej miasto odniosło dotkliwe straty, w 1626 podczas ataku wojsk duńskich miał miejsce rabunek plonów i trzody, kilka miesięcy później mieszczanie odparli atak wojsk podlegających cesarzowi. Umierający w 1627 Kasper von Stosch przekazał majątek synom, Dawidowi i Aleksandrowi. W 1628 Czernina opłaciła kontrybucję wynoszącą 3800 guldenów dragonom Lichtensteina, a w 1634 miasto splądrowały maszerujące wojska szwedzkie. O totalnym zubożeniu miasta świadczyła sytuacja z 1640, kiedy to Szwedzi wychłostali trzydziestu mieszczan, bo Czerniny nie było stać na opłacenie kontrybucji. Aby uniknąć podobnych zdarzeń mieszczanie opłacili oddział Szwedów, niestety na miasto spadła epidemia czarnej ospy, a następnie zaraza bydła. W 1653 z powodu malejącej liczby wiernych został zamknięty kościół ewangelicki, a 28 stycznia 1654 został zwrócony wyznawcom obrządku rzymskokatolickiego. Po śmierci Dawida von Stoscha w 1642 jedynym właścicielem Czerniny został Aleksander, który umierając w 1657 przekazał ją wraz z całym majątkiem synowi Jerzemu Abrahamowi.