W 1941 r. w południowo-wschodniej części miasta Niemcy utworzyli getto dla ludności żydowskiej. Oprócz kilku tysięcy Żydów z Sokółki trafiło tam również ok. 1500 Żydów z Janowa, Krynek, Czyżewa i Zaręb Kościelnych. Mieszkańcy getta pracowali w fabryce filcu, w warsztatach szewskich i krawieckich oraz wykonywali roboty drogowe. Wybudowali także zalew w Sokółce. 2 listopada 1942 ok. 8 tys. osób wywieziono z getta do obozu przejściowego w Kiełbasinie pod Grodnem. Getto szczątkowe zlikwidowano w styczniu 1943. Żydzi z sokólskiego getta zginęli w obozach zagłady w Treblince i w Auschwitz-Birkenau.
W latach 1942–1944 w Sokółce znajdował się niemiecki obóz pracy. Przeciętnie w obozie przebywało 150 osób; ogółem przeszło przez niego ok. 3 tys. osób. Podczas likwidacji obozu część więźniów rozstrzelano, a część zwolniono.
W czerwcu 1944 roku Sokółka została zdobyta przez wojska radzieckie, co zakończyło okupację niemiecką.