Za pontyfikatu Klemensa VIII ukończono prace nad zrewidowaną wersją Wulgaty (tzw. edycja klementyńska, 1592), rozszerzono Indeks ksiąg zakazanych (1596), wydano poprawiony ceremoniarz (1600), brewiarz (1602) i mszał (1604). W 1599 papież ustanowił centralną komisję do spraw misji, która 23 lata później przerodziła się w Kongregację Rozkrzewiania Wiary. Nie zajął natomiast stanowiska wobec sporu teologicznego między dominikanami a jezuitami dotyczącego wpływu łaski Bożej na wolę człowieka.
Nepotyzm Klemens VIII jako kardynał był przeciwnikiem nepotyzmu i po wyborze na papieża początkowo trzymał się tego stanowiska. Wprawdzie jego sekretarzami już w 1592 zostali jego siostrzeniec Cinzio Passeri Aldobrandini oraz bratanek Pietro Aldobrandini, ale zwlekał z wyniesieniem ich do godności kardynalskiej aż do września 1593. Od tego momentu jednak nie ustępował poprzednikom we wspieraniu własnej rodziny. W następnych latach obaj kardynałowie otrzymali szereg bardzo dochodowych urzędów kurialnych;