Reformy kościelne Papież Klemens VIII był mocno oddany dziełu reformy trydenckiej. Poważnie traktował swoje diecezjalne obowiązki duszpasterskie, dokonując regularnych wizytacji rzymskich parafii. W celu zapewnienia należytej troski duszpasterskiej parafiom diecezji rzymskiej utworzył Kongregację ds. Wizytacji Apostolskich. Dbał o poziom moralny duchowieństwa i kurii; zdarzało się nawet, że udzielał imiennych reprymend kardynałom prowadzącym nieuporządkowane życie osobiste (np. Giovanni Battista Deti, Alessandro d’Este). Sam dawał dobry przykład, prowadząc skromny, niemalże ascetyczny tryb życia. Był przy tym osobą bardzo pracowitą, ale brakowało mu niekiedy zdecydowania, co powodowało odwlekanie decyzji. Pozostawał pod dużym wpływem swego duchowego mistrza Filipa Neri oraz swego spowiednika, historyka Cesare Baronio, którego później mianował kardynałem. Okazywał też dużą hojność dla biednych i chorych. Utworzył też Kongregację zajmującą się ocenianiem kompetencji kandydatów na biskupów (lipiec 1592).