Teren na którym leży obecna wieś Mutowo związana jest z pierwszą lokacją Starych Szamotuł jaka miała miejsce w XIII wieku. Historycy uważają, że położenie najdawniejszej wsi i kościoła św. Marcina wyznacza odkryte w początku XXI wieku cmentarzysko nowożytne, które leży nieco na południe od miejsca, w którym w 2006 odkryto ślady pierwszej lokacji miasta Szamotuły z XIII wieku. Na mapie XVIII wiecznego Karol de Perthéesa miejscowość pod nazwą „Staremiasto” zaznaczono na północ od Szamotuł, nad Samą, na południowy wschód od Szczuczyna. Lokalizację taką potwierdza wzmianka z 1510 o młynie zbożowym zwanym „Grabowiec” położonym koło Starych Szamotuł. Wiadomo zaś, że młyn ten leżał tuż na północ od Szczuczyna.
Archeolodzy odsłonili m. in. pozostałości dużego budynku mieszkalnego o wymiarach ok. 5 x 4,5-5 m, użytkowanego między połową XIV a połową XV wieku, a w pobliżu odkryto cmentarzysko szkieletowe, na którym znaleziono monetę króla polskiego Zygmunta I Starego z lat 1528-1531 oraz nowożytny medalion z fragmentami drewna z drzew bliskowschodnich, przywieziony na pewno z Ziemi Świętej. Cmentarz ten związany był z kościołem parafialnym św. Marcina.