W wyborach parlamentarnych w 2005 roku wspierała Ligę Polskich Rodzin z listy, której startowali Wszechpolacy. Oprócz Romana Giertycha parlamentarzystami zostali: Wojciech Wierzejski, Piotr Ślusarczyk, Radosław Parda, Krzysztof Bosak, Bogusław Sobczak, Szymon Pawłowski, Rafał Wiechecki, Daniel Pawłowiec, Przemysław Andrejuk, Marek Kawa i Arnold Masin.
W grudniu 2006 kierownictwo LPR ogłosiło, że zrywa związki z Młodzieżą Wszechpolską i zdecydowało się powołać nową organizację młodzieżową – Ruch Młodych LPR. Decyzja Romana Giertycha była motywowana doniesieniami prasowymi o imprezie neonazistów, w której według dziennikarzy Dziennika mieli brać udział członkowie Młodzieży Wszechpolskiej.
Od 2006 roku thumb|Młodzież Wszechpolska na Marszu Niepodległości w 2017 roku thumb|Młodzież Wszechpolska podczas Marszu Niepodległości 2018 thumb|Pielgrzymka Środowiska Narodowego na Jasną Górę w 2019 roku thumb|Młodzież Wszechpolska na Marszu Niepodległości w 2019 roku Od 2006 corocznie stowarzyszenie organizuje kampanię społeczną „Kocham Polskę”. Pod koniec 2006 zostały wybrane nowe władze stowarzyszenia z Konradem Bonisławskim jako prezesem na czele. W latach 2008–2009 wraz z Obozem Narodowo-Radykalnym organizowano protesty przeciwko Traktatowi Lizbońskiemu. W 2009 Młodzież Wszechpolska obchodziła w Krakowie 20. rocznicę reaktywacji.